Em meados do século XIX, Desterro ocupava uma importante posição econômica na Província e as atividades portuárias eram fundamentais para isso. Por exemplo, 65% das exportações catarinenses passavam por Desterro por volta de 1850.

O Porto do Sambaqui se destacava pelas excelentes condições naturais para a navegação, além de possuir encanamento que levava água potável diretamente para as embarcações. Como o Porto de Desterro apresentava problemas, por ter acesso raso, o do Sambaqui logo se tornou alternativa para as embarcações de grande porte.

Por conta disso, foi construída em 1854 a Casa da Alfândega, que controlava, vistoriava e cobrava os respectivos impostos da entrada e saída de cargas em navios da baía norte. No entanto, a distância da região central aumentava os gastos com transporte terrestre de mercadorias e dificultava o controle.

Na própria Alfândega central a fiscalização era limitada pelo baixo número de fiscais e embarcações destinadas a essa atividade, bem como a inexistência de objetos indispensáveis como balanças, pesos, medidas e guindastes.

Com outros portos catarinenses apresentando melhores condições naturais e maiores investimentos tecnológicos, a importância portuária da capital diminuiu, até a completa extinção do Porto.

Com o fechamento do Porto de Florianópolis em 1964, ambas as casas alfandegárias foram desativadas, sendo a Casa de Alfândega do Centro tombada pelo Município em 1975 e a do Sambaqui em 1987.

Desde 1987, a antiga sede da Alfândega foi cedida pelo Ministério da Fazenda à Associação de Moradores de Sambaqui. Esta entidade foi fundada em 1983, promovendo debates políticos, exposições artísticas e festas periódicas.

Destacou-se desde sua criação na luta pela preservação das características naturais da Ponta do Sambaqui, bem como pelo resgate do folclore local, fomentando atividades como a brincadeira do Boi-de-Mamão, a Dança do Pau-de-Fitas e o Terno de Reis.