As fortalezas também são consideradas patrimônio histórico de Florianópolis.
Construídas pelos portugueses quando o Sul do Brasil era disputado por Portugal e Espanha, os fortes da Ilha de Santa Catarina compuseram um sistema defensivo para impedir a invasão espanhola nas então desconhecidas terras do Sul.
As três mais importantes fortificações construídas nesse período foram:
Fortaleza de Santa Cruz de Anhatomirim
Foi a principal fortificação do antigo sistema defensivo da Ilha de Santa Catarina, e está localizada em uma pequena ilha na baia norte (Ilha de Anhatomirim).
Fortaleza de Santo Antônio de Ratones
Também localizada em uma pequena ilha na baia norte (Ilha de Ratones), funcionava como um dos vértices do sistema triangular de defesa da Baía Norte da Ilha de Santa Catarina.
Fortaleza de São José da Ponta Grossa
A única das grandes fortalezas localizada na Ilha de Santa Catarina, é palco de um dos mais belos cenários arquitetônicos e paisagísticos da ilha.
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Posteriormente outras fortificações também foram construídas e adicionadas ao sistema defensivo da região, como o Forte de Nossa Senhora da Conceição de Araçatuba, o Forte de Santa Bárbara da Vila, o Forte Marechal Moura de Naufragados e os fortes de Sant´Ana do Estreito e Santa Bárbara da Vila.
Veja mais detalhes na seção dedicada às Fortalezas da Ilha de Santa Catarina.