Enquanto tentam encontrar algum lugar para se estabelecer, César e seu grupo são perseguidos pelos humanos, que seguem as ordens de um coronel disciplinador (Woody Harrelson). Não demora para que o confronto comece, causando perdas principalmente entre os macacos. César então luta contra seus instintos e começa a própria busca para vingar sua espécie. Ao longo da batalha, César e o Coronel serão colocados frente a frente na batalha que pode decidir o futuro de suas espécies e do planeta.