Um grupo de tartarugas vive escondido nos esgotos de Manhattan, até ser afetado por uma substância radioativa. Leonardo, Rafael, Michelangelo e Donatello passam a crescer de forma anormal, sendo treinados para lutar kung-fu. Com a ajuda do Mestre Splinter, sensei do grupo, e April O´Neil (Megan Fox), uma destemida repórter, o quarteto luta para tentar combater o Destruidor e o Clã do Pé, vilões que estão dominando Nova York.