Em 23 de março de 1835, através de uma Lei Provincial, foi criada a Freguesia da Santíssima Trindade de Trás do Morro.
Em 1855, a freguesia já contava com 1811 habitantes, sendo 1556 livres brasileiros, 3 estrangeiros e 252 escravos, representando a segunda menor freguesia do município da Capital em número de habitantes.10
No ano seguinte, 1856, o então vigário da Freguesia, Pe. Francisco Luiz do Livramento, realiza o Registro de Terras da Paróquia. Em 1857, a Festa da Santíssima Trindade já era celebrada junto à igreja.
Originalmente, a torre do sino ficava separada do corpo da igreja, à direita do edifício. Havia também um cruzeiro na frente da igreja, transferido posteriormente para um espaço entre a igreja e a Casa do Divino, onde depois foi construído o Salão Paroquial. Os franciscanos, que assumiram a paróqui em 1917, promoveram reforma entre o fim da década de 1920 e o início da década de 1930, na qual a torre foi incorporada à igreja.
Em 1977, foram construídas uma nova e ampla igreja matriz, uma casa paroquial e um salão. Então, a velha igrejinha, a antiga casa paroquial, o salão e o império foram transferidos ao patrimônio da Universidade Federal de Santa Catarina – UFSC.
Em 1978, houve uma reforma, na qual o artista plástico Hiedy de Assis Corrêa (Hassis) pintou o mural Humanidades nas paredes do antigo altar-mor e na parte frontal do arco. A pintura é inspirada na luta pelos Direitos Humanos e tem sua simbologia construída principalmente a partir de signos religiosos. Atrás da Igrejinha havia um cemitério, que foi transferido para junto do Cemitério do Itacorubi quando a UFSC começou a funcionar.
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