O 63° Batalhão de Infantaria foi criado no final do século XVIII, inicialmente com o nome de 3° Regimento de Infantaria do Rio de Janeiro. Ao longo de sua existência teve várias denominações, mas foi somente em 1919 que recebeu o nome de 14° Batalhão de Caçadores e foi definitivamente transferido para Florianópolis. O local escolhido para sua sede foi a região que, outrora, chamou-se Campo do Manejo e que, atualmente, é ocupada pelo Instituto de Educação. A denominação “Campo do Manejo” surgiu exatamente por que no campo que existia naquela região era feito o manejo – treinamento ou exercício – das tropas.
Em 25 de setembro de 1936, o então 14° Batalhão de Caçadores foi ocupar, no atual bairro Estreito, uma área que foi parcialmente doada pelo Estado e parcialmente adquirida de terceiros. Mas, foi somente em 14 de novembro de 1972, trinta e seis anos depois, é que recebeu a designação atual de 63 Batalhão de Infantaria.
Dentre as muitas missões honrosas, destaca-se a participação de três turmas de militares que integraram o escalão da Força Expedicionária Brasileira (FEB) que lutou na itália.
Em 1986, recebeu a homenagem de ter como patrono o Cel. Fernando Machado de Souza, personagem natural de Desterro que lutou bravamente e faleceu em 06 de dezembro de 1868, durante a batalha de Itororó, na Guerra do Paraguai.