Joãozinho e a Grande Invenção conta a história de uma bactéria do bem, sabe, igual ao pac‐man, que vivia na terrinha preta fazendo o que mais gosta: comer casquinhas de frutas e verduras, transformando elas em adubo para as plantas.
Certo dia, misteriosamente, a comida desaparece. Joãozinho embarca então em uma aventura para salvar todos os seus amigos da terra preta e conhecerá um universo que jamais pensou conhecer. Com a ajuda da plateia e da Dona Dorotéia, Joãozinho, um ser tão, tão pequeno, mostrará que é capaz de fazer a diferença, criando a Grande Invenção.