Em A Grande Invenção, Joãozinho é uma bactéria do bem que vivia na terrinha preta fazendo o que mais gosta: comer casquinhas de frutas e verduras e transformar elas em adubo para as plantinhas. Até que certo dia, misteriosamente, a comida desaparece.
Joãozinho embarca então em uma aventura para salvar todos os seus amigos da terrinha preta e conhecerá um universo que jamais pensou conhecer. Com a ajuda da plateia e da Dona Dorotéia, Joãozinho, um ser tão, tão pequeno, mostrará que é capaz de fazer a diferença, criando a Grande Invenção.